2009年隨著廣州市啟動新一輪機構改革，南沙區交通運輸局與南沙區建設局以“一套人馬、兩塊牌子”的形式合署辦公，長久以來在各自職責領域內既有分工又有協作，在南沙大開發大建設過程中積極主動作為、共同創新探索、發揮獨特優勢，實行“雙牽頭”推進模式，在重大交通攻堅、灣區銜接、內通外達、城市交通品質提升、交通基礎設施建設、交通出行服務提質增效等方面交出了亮眼成績單，實現了“路隨城建、城因路興”的良性循環。

　　揭牌后，南沙區交通運輸局主要工作職能包括交通體系規劃研究、交通項目建設、交通設施管理、運輸管理等方面。

　　隨著《南沙方案》深入實施，南沙已從“城市建設為主”轉向“灣區樞紐功能躍升”的新階段。作為大灣區地理幾何中心和國家重要戰略性平臺，南沙承擔著引領區域協同、打造區域綜合交通樞紐的重要使命，單獨設立南沙區交通運輸局是歷史使命使然。

　　“獨立設局不是‘分家’，而是在協同基礎上的‘專業深耕’。責任重大、使命光榮！”南沙區交通運輸局主要負責人在揭牌儀式上表態發言。他表示，接下來，南沙區交通運輸局將堅決貫徹落實區委、區政府的決策部署和工作要求，立足南沙“大灣區交通樞紐”戰略定位，凝聚思想共識、科學謀劃發展、率先垂范引領、認真抓好落實，以更開放的姿態、更創新的舉措，打好“開篇之戰”，讓南沙真正成為“貫通灣區、輻射全球”的交通中樞。